Les racines de la ville d'Enfidha remontent à l'époque berbère, lorsque les Berbères se sont installés dans les hautes terres, prenant l'ancien village de Jebel Takrouna comme leur maison. La région a également amené les bâtisseurs puniques et romains qui ont établi de nombreuses villes près des points d'eau et des sources des hauteurs, et ont laissé des villes antiques telles que Ain Mukarsi, Ain Al-Qarsi, Aubena et Viradi Magus à Sidi Khalifa. L'histoire de la région a été associée à l'histoire de la tribu Awlad Said, avec laquelle d'autres tribus, comme la tribu Nafat, se sont mélangées à travers l'histoire depuis l'invasion Hilaly au XIe siècle après JC. La région est restée en conflit avec les beys jusqu'à ce que Henchir Enfida, propriété du ministre Khair al-Din Pacha, soit vendu à la Société française de prêt de Marseille en 1880. Cette société a fait venir des constructeurs français et italiens qui ont laissé leur marque dans la ville, à l'instar de l'église catholique qui a été construite en 1907 et est devenue aujourd'hui un musée archéologique fréquenté par de nombreux touristes. Les habitants d'Enfidha ont été parmi les initiateurs de la résistance à l'armée d'occupation française, et le conflit a atteint son paroxysme avec le soulèvement du 21 novembre 1950, au cours duquel Enfidha a sacrifié le sang de ses justes martyrs à ce cher pays. Après l'indépendance, la commune d'Enfidha a été créée en vertu du décret du 09 janvier 1957.